Francisco Pinto de Magalhães casou-se com Maria Custódia da Assunção Leite Ribeiro.
Filha 1. Ana Custodia Leite de Magalhães Pinto (nascida em São João del Rei, MG, em 1795, falecida em São João del Rei, MG, em 1827, filha de Francisco Pinto de Magalhães e de Maria Custódia da Assunção Leite Ribeiro).
Filho 2. José Leite de Magalhães Pinto (nascido em 1796, filho de Francisco Pinto de Magalhães e de Maria Custódia da Assunção Leite Ribeiro).
Filha 3. Maria de Magalhães Pinto (nascida em 1796, filha de Francisco Pinto de Magalhães e de Maria Custódia da Assunção Leite Ribeiro).
Filho 4. João Leite de Magalhães Pinto (nascido em 1797, filho de Francisco Pinto de Magalhães e de Maria Custódia da Assunção Leite Ribeiro).
Filha 5. Francisca de Paula de Magalhães (nascida em 1797, falecida em 1861, filha de Francisco Pinto de Magalhães e de Maria Custódia da Assunção Leite Ribeiro).
Filho 6. Francisco Leite de Magalhães Pinto (nascido em 1803, falecido em 1858, filho de Francisco Pinto de Magalhães e de Maria Custódia da Assunção Leite Ribeiro).